网上药店的门槛很高，这本身是一个机遇，对于大鳄鱼的机遇。资金和政策层面的各种门槛，让大量对网上药店虎视眈眈的中小医药经销机构和电子商务公司望而却步，这给了大鳄们充分的准备时间。
但任何市场竞争不充分的状态只能是暂时的，大鳄鱼不利用这个机会圈好自己的栖息地，一旦门槛降低，也可能被蜂拥而来的小鱼小虾冲击得尸骨无存而成了先烈。
对于已经拥有完整网上药店资质的公司来说，目前存在以下危机：
一、传统药品销售实现网上销售有较高的技术门槛。
做一个网上药店，对于一个有丰富电子商务背景的公司不算什么难事，但是对于一个以传统医院和药店渠道为主的医药销售公司来说，并不容易。虽然这些大公司的资金实力雄厚，但是如果不能找到合适的人才并组建高效的团队，在盲目的摸索过程中可能要走大量的弯路。
二、电子商务并不等于信息化。
很多传统医药企业的信息化做得非常好，很多甚至已经成功的实施了ERP，这是传统医药销售多点多面的销售体系的必然要求。但是能做好ERP不一定就能做好电子商务，前者只是利用信息技术进行管理，而后者却需要借助网络平台实现销售甚至完全依靠网络平台销售。比如传统的服装企业也纷纷抢滩网上购物，但是在市场份额上还抵不上纯粹的互联网企业VANCL的一个零头。到底是卖什么更关键，还是怎么卖更关键，是网上药店需要思考的我呢提。
三、网上药店利润率可能偏低。
虽然老百姓还是觉得看病难买药贵，但是医药企业已经开始慨叹利润下滑严重了。特别是对于可以网上销售的非处方药，更是在几分几毛的开展竞争。所以我们看到网上药店都或多或少的涉及保健品的销售，一方面是考虑产品线的齐全，各主要的是保健品仍然有丰厚的超越一般非处方药的利润空间。
四、网上药店和传统的药品销售渠道存在冲突。
所有正规的网上药店同时也是大型的传统医药销售渠道，不管是自己生产的药品，总代理的药品，还是普通的批销，网上药店这个新渠道的价格优势，势必首先对自身的渠道产生冲击。短期内，网上药店的影响力和销售量都无法和传统渠道抗衡，这就造成网上药店的运营部门或独立公司在整个集团内部没有足够的话语权。设想一个普通的地区代理就可以大声呵斥他们一个城市的销售量就比整个网上药店还多，那网上药店的负责人还有足够的底气去坚持网上销售产品的价格优势吗？
五、网上除了价格优势其他的优势短期内还无法体现。
因为网上药店也是刚刚起步，所以目前除了可能的价格优势之外，其他优势并不明显。比如很难实现大量的在线的客户咨询，一个网上药店的驻站医师数量和水平可能还不如一个大药房。即便是药品的品类，因为一些来自传统渠道的限制，也不一定就比药房全。药品不像书籍，购买者往往没有太多的主观决策欲望，而是倾向于问问医师，所以就算网上药店的品类非丰富了，对于一般的购买者来说，网上药店在检索搜索上的快捷优势，也就不那么明显了。
一般家庭的常备药用量有限，对一些常见病的患者而言，他们也需要经常按照医生的嘱咐调整用药。例如一个没有慢性病人的家庭可能一年内会用到两盒板蓝根冲剂、三盒头孢拉定，外加十片创口贴，这点药品消费网上药店再便宜也意义不大。而一个常年服用罗布麻的高血压患者，也可能需要经常调整药物的使用，很少像喝可乐一样，盯着可口可乐一直喝的。这也是为什么善存之类的在网上药店会比较受欢迎，因为这才可能让消费者去计算常年的用量，从而得出网上药店购买比较划算的结论。
因此，网上药店在起步阶段会有很多困难，其潜在的销售量很难投资者满意。对于网上药店的运营者来说，要认真考虑当前应该吸引怎样的客户群，应该扩大哪些方面的优势，以及应该主推哪些品类，这样才可能培养起用户的习惯，抓住长期的用户。
